Eu testei essa solução com uma pequena amostra, mas faça backup de seus diretórios antes de tentar:
cd ../thumb2
for f in *; do test -e ../thumb/$f || echo rm $f; done
Eu não tenho um diretório com milhares de arquivos, então não sei se esse comando funciona para uma amostra tão grande. Por favor, tente depois de fazer o backup de seus diretórios. Quando tiver certeza de que o comando funciona corretamente, remova o comando echo
.
Atualizar
Aqui está uma versão modificada da excelente solução da Glenn:
diff thumb thumb2 | \
while read field1 field2 dir filename; do
[[ $dir = "thumb2:" ]] && echo rm "thumb2/$filename"
done