O que você está fazendo geralmente é desaconselhável, mas você pode tomar algumas medidas para torná-lo mais seguro. Eu estou supondo que você está usando uma distribuição tão antiga porque você tem algum aplicativo não suportado que "requer" essa plataforma. Se você não tem que usar a antiga distro então, como o @ HTTP500 sugere, copie-a para uma nova distribuição.
@ HTTP500 recomenda um scanner de vulnerabilidades de aplicativos da web, mas eu estaria mais apto a recomendar um scanner geral de vulnerabilidades como o Nessus Tenable ou OpenVAS .
Caso contrário, proteja a máquina como faria normalmente. Comece fazendo o básico: Remova qualquer software desnecessário da instalação. Desative quaisquer serviços desnecessários. Aperte as regras de firewall para permitir apenas o tráfego de entrada e saída que você espera. Altere todas as senhas padrão e remova todas as contas que não são necessárias. Atualize tudo para a última versão suportada.
Depois de ter feito tudo isso, comece a pesquisar todos os softwares com os quais os usuários não confiáveis interagirão para obter vulnerabilidades. Eu gosto de Detalhes do CVE , pessoalmente, mas há vários bancos de dados de vulnerabilidades por aí.
Se você encontrar uma vulnerabilidade significativa em qualquer pilha de software, você deve descarregar o software ou fazer backport de uma versão fixa na sua distribuição. A dificuldade de backport dependerá de quanto outro software (bibliotecas compartilhadas, etc) depende do software que está sendo corrigido. Em alguns casos, você poderá configurar outra máquina executando a distribuição antiga com compiladores e construir um RPM para um novo programa com bastante facilidade. Em outros casos, você vai se deparar com uma enorme quantidade de software.
Se as vulnerabilidades encontradas puderem ser atenuadas por um aplicativo de firewall / filtro da camada de aplicativo (um "firewall de aplicativo da web", etc), convém implantar uma coisa dessas na frente do servidor vulnerável. Eu sempre aviso que isso realmente não atenua as vulnerabilidades, apenas as torna mais difíceis de explorar. Você precisa ser extremamente vigilante para que não haja maneiras de contornar a funcionalidade de filtragem que permitiria que atacantes atacassem diretamente o servidor vulnerável.