O CentOS são os bits compilados de um importante fornecedor norte-americano de linux corporativo. "Se você descobrir o seu decodificador secreto, < href="http://en.wikipedia.org/wiki/Red_Hat_Enterprise_Linux"> que soletra "RedHat Enterprise Linux." Assim, o CentOS, por padrão, inclui apenas os aplicativos e repositórios mais estáveis. Há também muitas organizações de serviços que, por uma taxa, suportam seu uso como servidor.
O Fedora, por outro lado, é um produto RedHat direto (ou melhor, um "projeto comunitário patrocinado pela RedHat") e é considerado < em> algo de uma base de testes para atualizações, patches e pacotes. Tem mais pacotes "de ponta" e um tanto experimentais que podem introduzir falhas de instabilidade e segurança. Isso é bom para o uso diário da área de trabalho em um ambiente informal (eu uso o Fedora há cerca de 7 meses sem problemas sérios), mas é completamente inaceitável em um ambiente de negócios onde a estabilidade e a previsibilidade são primordiais.
Se o uso da palavra "desempenho" significar velocidade de aplicativo pura, não haverá vantagem ao comparar os dois. Suponho que alguém poderia argumentar que versões mais recentes de aplicativos que têm melhorias de velocidade estão disponíveis nos repositórios mais avançados, mas isso é um caso de borda, IMO. Naturalmente, você pode sempre adicionar os repositórios mais avançados, se desejar. No entanto, antes disso, leia o próximo parágrafo primeiro.
Se "desempenho" significa uma visão holística em relação à estabilidade e segurança (o que normalmente não ocorre, mas incluirei essa possibilidade para ser minuciosa), então o CentOS terá a clara vantagem. É claro, você pode pular toda essa vantagem se incluir uma tonelada de repositórios de ponta e começar a instalar as últimas e maiores compilações alfa de tudo à vista.
TL; DR
Use o CentOS.