O que provavelmente está acontecendo é que seu servidor não sabe que .war é um tipo de arquivo que precisa ser baixado em vez de ser executado. Em seguida, ele é executado através de suas Extensões de Serviços da Web permitidas para quaisquer correspondências. Se não encontrar um, ele gera um erro 404 mesmo que o arquivo exista.
Se você definir um tipo MIME para arquivos war do tipo application / octet-stream, isso deve resolver seu problema.