Aqui está a seção relevante dos documentos.
Unix text-file lines are terminated by 0A (LF)
MS text-file lines are terminated by 0D 0A (CR LF)
Samba does not do and will not do any conversion of these files at all. There are a number of conversion utilities on both platforms, these will have to be used.
Pessoalmente, acho que é mais fácil simplesmente usar um editor de texto no Windows que permite definir o estilo de término da linha.