Eu sego os comentários de SvenW, os comentários no outro tópico e gostaria de adicionar alguns.
O que acontece se o usuário tiver um perfil móvel e eu estiver tentando instalar o MSI por meio do GPO? Isso significa que o usuário obtém isso ou a máquina? Qual é o caso de vários usuários usando a mesma máquina?
O que acontece se o perfil for movido de um computador no qual devem executar as tarefas para um, elas não são como um servidor de impressão em um laboratório da Uni? O aplicativo seguirá?
Como faço para controlar versões se, por exemplo, ele foi instalado em outro computador, o perfil foi migrado para uma nova máquina? O msi não estará lá em um estado consistente e, quando você liberar uma nova versão, talvez eu não consiga pegá-lo ou algo pare?
Existem boas razões de segurança para garantir que seus arquivos executáveis e seus dados sejam completamente separados, além disso, em vários ambientes, talvez você não possa esperar que o usuário tenha permissão de execução para sua pasta appdata.
Eu não sei o tamanho do seu aplicativo, mas eu realmente quero um backup dele para cada usuário quando eu executar os trabalhos de backup para os perfis?
Sua aplicação soa realmente portátil e autônoma, isso é ótimo e existem soluções alternativas para cada uma das opções acima. Mas por que balançar o barco e forçá-lo em algum lugar não deveria ir quando é tão fácil colocá-lo onde é esperado? Eu não posso falar por mais ninguém, mas os casos acima fazem as coisas caírem na cesta "imprevisível" e isso não é ótimo.
Quanto ao Google, depende do seu caso de uso, eles estão empurrando para muitos usuários domésticos quem não se importa? Você soa como se estivesse se esforçando para TI corporativa e não faz mal ficar no lado bom das pessoas que estarão testando e implantando seu aplicativo. Eles vão gastar menos tempo pensando em maneiras de substituí-lo se o seu é estável, previsível e funciona como qualquer outro que eles têm.