Se você não usou a opção -p para preservar "tempo de modificação, tempo de acesso, sinalizadores de arquivo, modo de arquivo, ID de usuário e ID de grupo" (por man page; ACLs também) quando você executou cp , então é altamente provável que os tempos de modificação / acesso tenham sido alterados.
Se o comando rsync incluir as opções -a ou -t , ele tentará atualizar todos esses novos tempos de acesso. Não tenho certeza de qual rsync s algoritmo real é, mas acredito que mesmo que seu comando rsync não estivesse tentando atualizar os tempos de modificação / acesso, ele provavelmente teria que começar a comparar blocos ou somas de verificação para blocos para tudo o que tem um novo tempo de modificação para ver se realmente foi alterado ou não.