Quando um servidor cliente ou de recebimento de dados entra em contato com o WSUS, ele usa as chaves do Registro SusClientId e SusClientIdValidation localizadas em HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\WindowsUpdate
para se identificar. Se você clonou seus servidores downstream, um SysPrep normal não redefinirá esses valores. Se mais de um cliente ou servidor downstream tiver o mesmo SusClientId, eles apenas substituirão um ao outro sempre que atualizarem com o WSUS.
Ao excluir essas duas chaves em seus servidores downstream, a reinicialização deve corrigir o problema.
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\WindowsUpdate\SusClientId
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\WindowsUpdate\SusClientIdValidation