O Linux não se importará. Seu BIOS pode se importar: ele pode se recusar a inicializar a partir de um disco que não tenha partição. (Alguns BIOSs se recusam a inicializar através de pen drives USB e alguns BIOSs se recusam a inicializar a partir de discos IDE / SATA / SCSI sem partições, e para todos eu sei que alguns se encaixam em ambas as categorias.) Hardware estilo PC sem partições estilo PC muito incomum, então ferramentas de recuperação e seus colegas administradores podem ficar confusos.
Não consigo pensar em uma boa razão para não ter a estrutura de partição usual (não desperdiçar 512 bytes não é um bom motivo). Então eu iria para uma partição.