Quando o código tiver permissão para ser executado com privelages administrativas , a máquina não poderá mais ser confiável.
Listagens de arquivos, chaves de registro, acesso à rede - tudo pode ser comprometido; e você não seria capaz de dizer a partir da própria máquina.
Você pode esperar que o vírus não seja ruim, e não fez as coisas muito desagradáveis. Mas a única maneira de ter certeza é reinstalar.