Q1, i am unsure how to configure a samba client on a linux distro that use a windows domain to connect to it.
Eu de modo algum estou sugerindo que você use o Ubuntu - mas, por exemplo, pesquisando sobre 'autenticação samba do windows ubuntu' inclui um link aqui com um maravilhoso guia passo a passo para ativar a autenticação de usuário / senha do Windows. Por que não usar o servidor / controlador de domínio existente para compartilhamento de arquivos?
Q2, yes there is an existing domain and yes for internal development.
Se o preço é uma preocupação - você sabe que o Tomcat funcionará bem com o sistema Windows XP e funcionará muito bem para um grupo de desenvolvedores. Se você não precisa de mais de 4 GB de memória RAM, o Windows XP 32 funcionará muito bem e, provavelmente, você tem uma máquina sobressalente que pode usar para isso.
Eu prefiro, em todos os casos, que os Firewalls sejam sistemas distintos e separados - nem mesmo virtualizados. Você pode instalar um dos vários sistemas Linux / BSD projetados para firewalls em qualquer clunker que você tenha no escritório. Eu usaria seu WRT54G como um firewall antes de usar meu servidor de arquivos.
Will a linux distribution be able to handle all of these needs?
Sim - MAS NÃO FAÇA . Como afirmei acima - mantenha seu firewall logicamente separado de qualquer dado. Eu até cautelaria contra o compartilhamento de um servidor de desenvolvimento e servidor de arquivos. Use o VMWare / Xen para segmentar o servidor de arquivos / desenvolvimento, se possível.