Você pode fazer isso com sed. Aqui está um bom tutorial sobre isso. Pode ser tão simples quanto find /home/user -iname index.php -exec sed -i s/<piece of code to find/<replace with that>/ {} \;
Eu sugiro que você faça um backup antes de fazer isso e execute alguns testes para ver se funciona bem. Lembre-se que as coisas entre o / / são expressões regulares e, dependendo do formato, você pode terminar combinando mais coisas que você precisa. Como eu disse, teste antes de executar isso em seus arquivos 'ao vivo'.
EDIT: corrigido o comando find, obrigado rems