Isso é descrito aqui
Primeiro você precisa marcar seus pacotes. E para marcar você pode usar o número da porta
/ip firewall mangle
add action=mark-packet chain=forward dst-port=80 new-packet-mark=http passthrough=no protocol=tcp
add action=mark-packet chain=forward dst-port=443 new-packet-mark=https passthrough=no protocol=tcp
E então você pode fazer o traffic shaping nesses pacotes marcados
Abaixo está também um exemplo muito bom e simples