O que você ganha quando você
mysql> show global variables like "wait%";
Tente reduzi-lo editando my.cnf ou com o seguinte código (como root)
mysql> SET GLOBAL wait_timeout=28801;
Há um bom artigo sobre (o excelente) MySQL Performance Blog que lida com consultas para dormir
Vale a pena conferir link
Outro pensamento releitura do comentário de Dan: O tempo de sono (0) é estranho, no entanto. Parece indicar-me que existem conexões persistentes que não estão realmente dormindo, mas fazendo algo pelo menos a cada segundo para redefinir o cronômetro. Se você sabe que o webapp não está usando conexões persistentes, talvez esteja chamando sleep () diretamente, em algum lugar em uma função de loop ou temporizador?
Adicionalmente , se você estiver usando, digamos, PHP, você pode entrar no php.ini e definir mysql.allow_persistent = Off
e ver o que acontece.
PS Qual versão do MySQL você está executando? Algo similar foi reportado como um bug sério em 4.1, mas isso foi em 2005 ...