sim - haverá algum tempo de inatividade durante o período de tempo em que os servidores de nomes serão migrados para o godaddy e o horário em que você configurar o arquivo de zona, o domínio exibirá uma página de destino genérica do godaddy. O tempo de inatividade provavelmente será breve, apenas 15 a 30 minutos, mas poderá ser mais longo. Eu encontrei suporte telefônico para ser útil se surgir uma situação em que algo está "preso", mas também sei que eles passaram por algumas mudanças e não há garantia de que você não entrará em um padrão de espera de 24 horas.
Para trocá-los sem tempo de inatividade, recomendo ir com um terceiro, como Dyn ou DnsMadeEasy. Primeiro defina suas configurações e, depois que suas configurações já estiverem definidas, altere os servidores de nomes com o registrador. Você não terá nenhum tempo de inatividade e não ficará preso se decidir alterar os registradores posteriormente.