P: É uma prática ruim nomear nosso domínio interno da mesma forma que nosso domínio de internet?
A: Sim, é.
Q: Se não é um grande problema ter ambos sob o mesmo nome Como posso adicionar www ou qualquer um dos meus outros sub-domínios para ir para a internet dns?
A: Não vá por esse caminho. Renomeie o domínio atual ou limpe-o e comece do zero usando um subdomínio não utilizado, como ad.markonsolutions.com.
EDITAR:
Declaração: "minha intenção era simplificar a vida de meus usuários, dando a eles o mesmo login que seus endereços de e-mail"
Retortar: Configure um sufixo UPN que corresponda ao sufixo DNS do endereço de e-mail e configure-o para seus usuários. Isso terminará correspondendo ao sufixo DNS pai de seu FQDN do AD se você nomear seu domínio como ad.markonsolutions.com (o sufixo UPN será markonsolutions.com).