O NTFS, em particular, é uma má escolha para fazer backups filewise de sistemas Linux, porque ele usa o modelo ACL do Windows para permissões, em vez do modelo UNIX. Em conseqüência, as permissões nesses volumes são determinadas pelas opções de montagem. Portanto, quando você fez o backup, não fez backup dos metadados de permissões (bits de permissão ou propriedade).
Veja o comentário (automatizado) da dawud sobre por que você não pode restaurar permissões "padrão" (a resposta curta: não existe tal coisa), e algumas reflexões sobre o que você pode fazer para se recuperar (será longo e tedioso).
Se você também tiver backup do Windows para esse disco NTFS, os metadados das permissões devem estar intactos.