Hmm, a configuração que você escreveu parece correta para mim, então tentarei mostrar a você como depurar o problema:
1- Verifique se o DNS está configurado corretamente executando dig nmagerko.me
, dig sub1.nmagerko.me
e dig sub2.nmagerko.me
e procurando o IP. Use wget X.nmagerko.me
nos testes, o navegador pode estar armazenando em cache as respostas do DNS.
2- Certifique-se de que os arquivos em /some/different/path
, /var/www
e /some/different/pat2
sejam diferentes.
3- Certifique-se de reiniciar o apache com
sudo service apache2 restart
Além disso, você pode dar uma olhada nos registros também.
Espero que isso ajude.