Você afirmou que as portas 3 e 42 foram configuradas no switch Catalyst, mas depois forneceu configurações para as portas 46 e 48. A configuração que você postou para a porta 46 deve ser aplicada à porta 3 que se conecta ao EX2200. A conexão do seu roteador está inalterada, então esperamos assumir que a configuração está bem.
Agora, no EX2200, as seguintes linhas de código seriam apropriadas para fazer o seguinte:
ge-0/0/0 - tronco permitindo as mesmas vlans definidas acima na porta 46
ge-0/0/6 - porta de acesso na VLAN80
set vlans vlan80 vlan-id 80
set vlans vlan82 vlan-id 82
set vlans vlan83 vlan-id 83
set vlans vlan93 vlan-id 93
set vlans vlan289 vlan-id 289
set interfaces ge-0/0/0 description uplink-to-catalyst
set interfaces ge-0/0/0 unit 0 family ethernet-switching port-mode trunk
set interfaces ge-0/0/0 unit 0 family ethernet-switching vlan members vlan80
set interfaces ge-0/0/0 unit 0 family ethernet-switching vlan members vlan82
set interfaces ge-0/0/0 unit 0 family ethernet-switching vlan members vlan83
set interfaces ge-0/0/0 unit 0 family ethernet-switching vlan members vlan93
set interfaces ge-0/0/0 unit 0 family ethernet-switching vlan members vlan289
set interfaces ge-0/0/6 unit 0 family ethernet-switching port-mode access
set interfaces ge-0/0/6 unit 0 family ethernet-switching vlan members vlan80
Algumas outras sugestões para você:
1) Ligue o LLDP no seu switch para que você possa fazer um show lldp neighbors e ver onde suas conexões vão.
2) Não use RSTP para spanning tree no switch zimbro, ele não funciona muito bem com a Cisco, use o VSTP. Se você acabar com uma tonelada de vlans, talvez seja necessário usar o MSTP.
3) Desligue o alarme do chassi para a Ethernet de gerenciamento, se você não estiver usando.
Na EX2200:
delete protocols rstp
set protocols vstp vlan all bridge-priority 4k
set protocols lldp interface all
set chassis alarm management-ethernet link-down ignore
No Catalyst (se for compatível)
lldp run