Você precisa instalar, ativar e configurar os recursos de desduplicação.
Como há sobrecarga associada à deduplicação, e há tarefas de depuração e outras que precisam ser agendadas, ela não é ativada automaticamente em uma instalação padrão.
Você pode fazer isso a partir da GUI ou usando o PowerShell:
Import-Module ServerManager
Add-WindowsFeature -name FS-Data-Deduplication
Import-Module Deduplication
Enable-DedupVolume E:
Por favor, note que os comandos listados acima são o mínimo necessário para ativar a desduplicação. Se você quiser usar isso em produção, leia o link inteiro e entenda todos os outros componentes envolvidos e configure-os conforme necessário.