Você só precisa avaliar a saída (não o código de saída) de gsettings
:
if $(gsettings get org.gnome.settings-daemon.peripherals.touchpad touchpad-enabled); then gsettings set org.gnome.settings-daemon.peripherals.touchpad touchpad-enabled false; else gsettings set org.gnome.settings-daemon.peripherals.touchpad touchpad-enabled true; fi