A Microsoft suporta a instalação de qualquer combinação de versões do .NET Framework lado a lado, desde que sejam compatíveis com o sistema operacional no qual você as instala (o .NET 4.0 pode ser instalado no servidor 2003, desde que você tenha o service pack 2) . Como os aplicativos normalmente usam apenas o que eles são construídos, eu não esperaria que nada de ruim acontecesse como resultado da instalação de uma versão adicional.
Alguns aplicativos (especificamente IIS) permitem que você selecione qual versão usar em um contexto específico. Você normalmente não pode alterar essa configuração sem causar problemas, pois o comportamento de cada versão é diferente. No entanto, seu comentário é absurdamente exagerado.