Problema semelhante - mas com dois monitores e não tão bons: - (
Se eu tiver certeza de que a borda do monitor com a barra de tarefas está alinhada (xrandr ou ferramenta GUI ARandR), a barra de tarefas ainda se estende pelos dois monitores - mas pelo menos consigo ver os ícones da bandeja.
Não é o ideal, mas ainda não encontrei nenhuma outra solução.
4 minutos depois: -)
Hmmm - acabou de encontrar outra solução. clique com o botão direito no painel, selecione Configurações do painel - > Geometria. Defina a largura do painel para Pixels, coloque a largura do monitor que você quer. Eu tenho o meu conjunto para o monitor mais à esquerda - para obtê-lo no monitor do meio, brincando com o alinhamento e adicionando uma margem deve funcionar: -)