Se for um MSI, é melhor usar a implantação de software de diretiva de grupo em vez de um lote. Ele faz exatamente o que você está procurando sem ter que testar as instalações anteriores.
Quanto à sua pergunta real:
What will practically happen if we keep just this command in the script, and a user who already has this package installed logs on, and the script executes?
Se você não testar a instalação no seu script, ele continuará sendo reinstalado.