Coloque o banco de dados no SSD. Quando você atualizá-lo, ele tem que escrevê-lo de volta para o disco, o que é caro. Arquivos de origem quase nunca mudam, então eles são armazenados diretamente na memória.
Se você deseja que os arquivos PHP sejam armazenados em cache, instale um acelerador PHP como o eAccelerator, que armazenará em cache o código compilado na memória. Colocar arquivos de texto em um SSD é uma micro-otimização que fará com que você não esteja no lugar.