Concordo com a resposta acima relacionada a arquivos grandes no perfil. Também é importante saber como os usuários recebem acesso a determinadas unidades de rede, impressoras, etc. Muitas vezes, scripts são usados (VBS, batch, etc.) para montar unidades de rede, configurar determinadas configurações / permissões e esses scripts podem aumentar o tempo de logon. Especialmente se uma determinada parte do script estiver pendente ou talvez esteja em loop antes de falhar. A maioria das restrições relacionadas aos perfis de usuários pode ser feita por meio do GPO e o controle das restrições do usuário por meio de políticas de grupo é incrivelmente mais rápido do que através de scripts. Como administrador de sistemas de TI, isso é algo que experimentei em primeira mão. O indivíduo antes de mim pensou que seria uma ótima idéia fazer scripts VBS para tudo, em vez de apenas usar o GPO (não é uma boa ideia). Depois que removemos os scripts e configuramos tudo por meio do GPO, os tempos de login foram significativamente menores.
Cabos Ethernet degradados, placas Ethernet, switches, roteadores, etc. também podem levar a tempos de logon mais longos.