Isso é difícil de responder porque é totalmente dependente de sua aplicação. Parece que você tem alguns problemas de arquitetura de aplicativos principais que não serão resolvidos em uma pergunta do ServerFault. Com isso dito, há algumas etapas que você pode seguir para resolver o problema descrito por você.
O curso de ação mais apropriado em uma situação como essa é dividir o compartilhamento de arquivos em um serviço separado. Não duplique arquivos se você tiver uma rede que permita que os arquivos estejam "em qualquer lugar (quase) de uma só vez". Você pode fazer isso por meio do NFS / CIFS ou por meio de um protocolo de armazenamento adequado, como o iSCSI. Montar como armazenamento local no diretório apropriado. Dependendo do desempenho de sua rede e de suas necessidades de armazenamento, isso pode adicionar alguns milissegundos indetectáveis ao tempo de carregamento da página.