O motivo pelo qual você não remove o que espera é porque gnome metapackage não é o único dependendo de toda a área de trabalho do gnome (no caso de você usar o Ubuntu GNOME Remix) mas ubuntu-desktop ou sua variante ubuntu-gnome-desktop . O que você está vendo é algo oferecido por aptitude e pelos gerenciadores de pacotes avançados. apt-get é simples, precisa da maioria das coisas feitas manualmente. Você não pode esperar que ele faça todas as funções do pacman, especialmente no Ubuntu, onde existem meta-pacotes criados apenas para instalar sabores.
O que você precisa é:
aptitude search ~i~sgnome
Isso procura pacotes que são instalados a partir da seção do gnome. Você pode querer os pacotes que são dependências e instalados de algum pacote instalado:
aptitude search '~R(?and(?name(gnome), ~i))'