Isso acontece muito quando você tem perfis obrigatórios configurados para o Server 2003 e depois passa para 2008+ sem planejamento. Os perfis são diferentes entre essas versões do Windows, portanto, um perfil 2003 / XP obrigatório não será carregado no Vista + / 2008 +, o que fará com que um perfil temporário seja carregado.
Meu palpite é que você acabou de ter perfis mal configurados.
Se você não fizer isso, isso também pode ser causado por corrupção de disco ou alguma outra estranheza. Verifique os registros de eventos para obter detalhes mais descritivos e atualize sua pergunta se isso não resolver isso.