O glifo "Caractere de substituição de caracteres" do Unicode normalmente não é o que está no sistema de armazenamento de dados subjacente: ele normalmente é inserido na camada de exibição (devido a uma falha de decodificação) e não informa qual código subjacente foi / é.
Você tem duas opções aqui:
O primeiro (e melhor) é descobrir qual é o glifo / código subjacente e usar suas ferramentas de banco de dados para limpar as coisas.
O segundo é exportar seus dados por meio de algo que faz as conversões Unicode, pesquisar / substituir o código "Caractere de substituição" e reimportar seus dados. Isso geralmente é inviável para todos, menos para os menores conjuntos de dados (e se o problema é que sua estação de trabalho não consegue descobrir o que fazer com os glifos Unicode, não corrija seu problema).