Você pode executar verificações normais do sistema de arquivos dentro da VM, como faria com qualquer máquina, para garantir a integridade do sistema de arquivos. No entanto, dentro de a VM, eu não tentaria fazer nenhum S.M.A.R.T. ou outro monitoramento em nível de hardware, já que todos estariam testando hardware virtual que realmente não existe (se os testes funcionarem?).
No entanto, em seus servidores / hosts físicos, eu faria o monitoramento em nível de hardware que você faz com qualquer outro servidor. Se seus discos começarem a falhar, você tem o potencial de perder o host O.S. com todas as VMs sendo hospedadas nelas também.
Independentemente disso, acredito que você tenha uma estratégia de backup adequada.
Para os drivers, sim, eu usaria os drivers "disponíveis melhor" tanto no host quanto no cliente. Qualquer software que você esteja usando para virtualização deve fornecer documentação para os melhores drivers disponíveis dentro da VM - correspondendo qualquer hardware que esteja sendo emulado para a VM.
No entanto, sem conhecer detalhes sobre quais softwares e soluções você está usando, tudo isso é muito subjetivo.