Assim como muitos problemas de TI, você terá que dividir o problema, medir e dividir novamente ...
Se você pudesse mover o disco rígido / s do servidor 'lento' para o hardware do servidor 'rápido', o problema segue os discos? Se sim, então você provavelmente tem um problema OS / filesystem / config, se não, então talvez você tenha algum hardware quebrado / semi-quebrado.
Se o problema ocorreu com os discos, sugiro que você inicialize a partir de um sistema operacional baseado em CD / ISO e execute algum tipo de suíte de teste de CPU, memória e disco, em seguida, repita os testes, mas no disco regular. baseado no sistema operacional, isso deve identificar se você tem um problema no SO ou no sistema de arquivos.
Então, basicamente, continue dividindo o problema em áreas, 50/50 de cada vez (ou o mais próximo que você conseguir).