Você tem as seguintes opções, classificadas por ordem de confiabilidade:
- Livre-se da pilha de lixo insegura que é o PHPMyAdmin e remova-a do seu sistema.
- Se isso não for possível, limite o acesso a ele com um ou mais dos seguintes métodos da sua configuração do Apache (o arquivo de configuração do site ou com um .htaccess no diretório PHPMyAdmin:
- Limite o acesso a uma rede conhecida ou, melhor ainda, apenas o host local e use o encaminhamento de porta SSH para acessá-lo.
- Limite o acesso a ele com um par de chaves SSL. Isso é bastante seguro, mas não é muito fácil de configurar.
- Use a autenticação básica HTTP para limitar o acesso ao diretório PHPMyAdmins com uma senha adicional.
- Use algo como o Fail2Ban que bloqueia dinamicamente os endereços IP dos invasores.
Se eu tiver alguém que apenas precise PHPMyAdmin e não se incomodar em aprender a usar outras ferramentas, normalmente eu configuro uma instalação local dele na máquina do usuário e a configuro para usar o MySQL através de um encaminhamento de porta SSH e, em seguida, tornar mais fácil para o usuário estabelecer o túnel.