Veja link e o parágrafo abaixo.
Basicamente é que o IPIP só pode lidar com unicast IPv4, sem tráfego multicast e apenas um túnel para um par exclusivo de terminais de túnel. O GRE é mais genérico, com até 64k de túneis entre dois endpoints exclusivos, além do tráfego multicast, que é importante ao encapsular protocolos de roteamento.