A resposta curta é que não há diferença inerente nas velocidades de transferência de arquivos ao comparar um dispositivo NAS e um servidor Windows. Ambos (provavelmente) usarão o protocolo CIFS para oferecer os compartilhamentos de arquivos e transferir os arquivos. O único fator limitante é a velocidade da rede (seja Fast Ethernet ou Gigabit) e a velocidade dos discos (dependendo da configuração do disco, entre 80MB / s a 200 + MB / se além).
A diferença é que o servidor Windows oferecerá permissões mais granulares e regras de compartilhamento. Como você não precisa disso, o NAS é a capacidade de compartilhamento de arquivos barata e eficaz.