Esta não é uma questão sobre o Apache e como ele lê o arquivo, mas a administração geral do * NIX e o uso do chmod.
Arquivos / diretórios em sistemas * nix possuem um proprietário e um grupo associado a ele (chown). Eles também têm bits de segurança anexados a eles, o que define os seguintes atributos:
- As permissões do proprietário
- As permissões do grupo
- As permissões de todos os outros
Se o Apache não tiver permissões em uma dessas categorias, ele não poderá ler o arquivo.
Veja os seguintes artigos da wikipedia sobre chmod e chown: