Tente o seguinte:
ntpdate -u pool.ntp.org
hwclock --adjust
hwclock --systohc
Isso atualizará as configurações de tempo do pool.ntp.org, ajustará o hwclock para desvios sistemáticos e sincronizará o relógio do hardware com o relógio do sistema. A página man do hwclock
Se você executar esses comandos em um host da VM, isso poderá afetar negativamente todos os convidados da VM e sua capacidade de exibir a hora correta. Planeje de acordo.
Embora eu não saiba se o hwclock -s fará qualquer coisa no guest da VM ... vou adivinhar que não.