Não há como saber ao certo o que aconteceu, a menos que você tenha uma auditoria de comandos em seu sistema e esteja disposto a analisar cada comando executado entre "quando ele trabalhou pela última vez" e "quando ele quebrou".
Como um palpite: você de alguma forma executou bash como root com a variável de ambiente $HOME ainda definida para o diretório home deste usuário. Há muitas maneiras de fazer isso (por exemplo, su -m preservará $HOME ).