$ document_root é definido pela diretiva raiz. O 'root html;' line no local do php define $ document_root como < nginx prefixo > / html. Dê uma olhada no link para ver como você deve estar definindo sua raiz no contexto do servidor. Deve ser algo como isto:
server {
root /var/www;
index index.php index.html index.htm;
location ~ \.php$ {
fastcgi_pass 127.0.0.1:9000;
fastcgi_index index.php;
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name;
include fastcgi_params;
}
}