Se você não estiver alterando a arquitetura (de 32 bits para 64 bits ou vice-versa), basta fazer o backup de /var/cache/apt/archives , restaurá-lo para a nova máquina e executar
sudo apt-get update
Isso fará com que todos os aplicativos sejam migrados, para que você não precise fazer o download deles, mas não os instalará para você.
Melhor ainda, tente isso -
dpkg --get-selections > installed-programs.log
Isso despejará uma lista de seus aplicativos atualmente instalados em um arquivo de texto. Você pode então mover o arquivo para a nova máquina e fazer
sudo dpkg --set-selections < installed-programs.log
faça
sudo apt-get dselect-upgrade
para instalar os pacotes.