Supondo que seu conjunto de dados é idêntico em ambas as máquinas, com exceção da ACL, você poderia fazer:
icacls c:\path\to\data\* /save ACLData /T
Copie o arquivo "ACLData" para a máquina de destino e, em seguida:
icacls c:\path\to\data /restore ACLData
Isto irá replicar as ACLs (e apenas as ACLs), assumindo que a estrutura de dados é idêntica, e você tem o direito de fazê-lo.