O Centos 5.6 corrigirá o problema, você deve usar o yum erase para remover os pacotes do php, e usar o yum install php53 e qualquer uma das extensões do php5.3 que você precisa.
Isso mantém a filosofia de atualização binária e reduzirá a manutenção porque os pacotes centos receberão as correções de segurança backported que o Redhat fornece para a versão do php instalada.
Se a atualização para o CentOS 5.6 não for possível, tente os pacotes do IUS ( link ) Um dos benefícios de se manter com um " Repo Seguro ", como IUS ou EPEL, é que os pacotes não causarão problemas nos pacotes do sistema operacional básico.
yum remove php php-cgi php-cli php-common
yum update
yum upgrade
cat /etc/*release
should return: CentOS release 5.6 (Final)
yum install php53