Você deve não estar mudando a fonte de tempo individualmente para os computadores do domínio. Por padrão, eles serão sincronizados com os controladores de domínio no domínio para garantir que o Kerberos (e os serviços relacionados) que são sensíveis ao tempo funcionem normalmente. Se você quiser usar uma fonte de tempo externa, use w32tm para tornar o Controlador de Domínio com a função de Emulador PDC sincronizada a partir dessa fonte.
Dito isso, eles serão sincronizados automaticamente, supondo que a fonte de tempo do controlador que não é de domínio seja confiável e acessível. Se você quiser forçá-lo, você sempre pode usar psexec para forçar os computadores remotos a executar o comando w32tm relevante para ressincronizar.