Além do óbvio desempenho horrível que você terá ao acessar este servidor de banco de dados pela Internet, não há motivos para que isso não seja feito de maneira segura.
Aqui estão algumas coisas que você deve ter em mente:
- Adicione uma regra do iptables para permitir somente o tráfego para a sua porta mysql a partir do endereço IP da sua instância do EC2.
- Crie suas concessões de mysql somente para o endereço IP de sua instância do EC2
- Configure SSL dentro do mysql e exija SSL / TLS em suas declarações de concessão (se você não configurar SSL, seus dados estarão atravessando a Internet em texto não criptografado)