Eu suspeito que você tenha cometido um erro em sua pergunta. Quando você diz "OS RAID3" no "SVR2" specs eu suspeito que você quer dizer "OS RAID5". Pessoalmente, gostaria de alertar que a funcionalidade do RAID 5 no Windows não está à altura do nível de confiabilidade de um controlador RAID de hardware. O Windows RAID 1 funciona muito bem e é "seguro barato", mas eu recomendo gastar um pouco de dinheiro extra para usar um controlador RAID de hardware se você quiser o RAID 5 e quiser que ele funcione de maneira sólida e confiável.
A execução de DHCP, DNS, Active Directory, WSUS e Serviços de Implantação do Windows em uma caixa que manipula de 30 a 50 computadores clientes não é grande coisa (supondo que você instale uma versão de 64 bits para aproveitar os 6 GB de RAM). No entanto, as funções "IIS" e "SQL" são realmente abertas e a parcela de desempenho que elas consomem depende do que você está usando. Eu não consigo entender o que você quer dizer com "FCS", então não posso comentar sobre isso. Eu suponho que os discos em "SVR1" são SATA, por isso não espere obter qualquer quantidade de IOPS fora deles. O software RAID 1 do Windows funcionou muito bem na minha experiência, mas lembre-se de encontrar qualquer um dos vários scripts de monitoramento na rede e configurá-lo para ser executado periodicamente para alertar se um disco falhar (já que o W2K3 não tem qualquer funcionalidade interna para fazer isso).
"FCS" à parte, nenhuma das funções que você descreve para SVR1 é extremamente difícil de migrar para outra máquina mais tarde, por isso não tenho certeza se vejo alguma vantagem em usar um hypervisor em vez de executá-lo no bare metal. Considerando os seus discos de baixo custo, eu colocaria no metal para mostrar toda a performance que eu pudesse de qualquer maneira.
Eu não sei qual é o seu "Aplicativo de Controle de Acesso", mas o Spiceworks é extremamente fácil de migrar para uma máquina diferente mais tarde. Eu rodaria o Spiceworks e o "Access Control Application" diretamente no bare metal do SVR1 também, se eu pudesse me safar. Isso economiza a sobrecarga de um hipervisor em uma máquina que tem apenas 6 GB de RAM e muitos trabalhos (embora na maioria pequenos).
re: SVR2 - A execução de funções de AD, DNS e Servidor de Arquivos nessa caixa não é um grande esforço, embora eu aumente a RAM em até 4 GB e obtenha um controlador RAID de hardware.
re: Exchange Server 2003 - Eu executei o Exchange Server 2003 em hardware de baixo custo para um pequeno número de usuários. Eu tenho uma instalação de produção agora em um escritório de 17 pessoas rodando em uma caixa não muito diferente da sua máquina "SVR1" (funções similares, também um servidor de arquivos, também, rodando o SBS 2003). Eu acho que você está empurrando, no entanto, tente hospedar o Exchange para 30 - 50 usuários em qualquer uma dessas caixas. Eu não acho que qualquer caixa tem RAM suficiente ou capacidade de I / O para uma instalação do Exchange Server 2003 desse tamanho para um desempenho eficaz.
Como uma "solução barata", eu substituiria a máquina "SVR1" por um servidor de ponta - algo com um controlador SAS RAID compatível com VMware ESXi, 8 GB de RAM (ou mais), pelo menos uma única processador quad-core e um conjunto RAID-10 de discos 10K SAS (ou melhor). Eu executei o VMware ESXi no bare metal e a função "SVR1" como instância guest nessa máquina. Você ainda deve ter capacidade de E / S suficiente para hospedar o Exchange Server 2003 de maneira muito eficiente nessa máquina. (Fiz um projeto em um site do Cliente com necessidades semelhantes recentemente - migrando o SBS 2003 de uma antiga caixa Compaq para um hardware moderno - e conseguimos um Dell PowerEdge R310 de menos de US $ 3.000,00 para hospedar a instância do S / S substitemnet com E / S e RAM de sobra para futuras VMs ...)
Também ficaria curioso em saber o que você planejou para o backup.