Prática recomendada seria separar o tráfego VoIP para outra VLAN. Quanto à sua necessidade de usar a porta pass-thru, você deve ser capaz de especificar uma VLAN de "voz" e uma vlan de "dados" para cada porta. Dessa forma, o telefone utilizará a voz vlan e o PC conectado à porta pass-thru utilizará a vlan de dados.