Acho que você está mal entendendo como os programas são instalados e executados.
Você pode baixar alguns programas para uma caixa * nix e executá-los. Você também pode instalar programas em seu diretório pessoal, muito mais fácil do que tentar instalar o My User Only no Windows (o que quase nunca funciona).
A maioria dos sistemas * nix inclui um sistema de gerenciamento de pacotes para ajudá-lo a manter as dependências sob controle. Não existe esse sistema no Windows. As Administrações do Sistema que lidaram com problemas de dependência no Windows geralmente se referem ao problema como Inferno da DLL.
O WinSxS tentou aliviar alguns dos problemas, mas ao custo de muito espaço HD e não se mantém limpo quando você desinstala programas antigos. Uma das principais razões pelas quais não pode manter-se limpo é porque o Windows não tem mecanismo de rastreamento para quais DLLs estão instaladas, o que depende delas, onde encontrar versões atualizadas, etc, etc, etc.
Toda essa funcionalidade foi incluída na maioria dos sistemas de gerenciamento de pacotes para evitar o Inferno da DLL e manter seu sistema em execução, apesar das atualizações / atualizações e das dependências incompatíveis.