O simples motivo pelo qual não substituímos o armazenamento de arquivos tradicional pelo Sharepoint é que a implantação de um servidor de arquivos requer um servidor básico sem licenças (se você executar um servidor Windows para armazenamento, sim, terá que pagar pelas licenças, mas ainda é bastante barato) e basta carregá-lo com discos rígidos e colocar uma camada de RAID no topo.
Com o Sharepoint, você precisa de servidores muito mais caros, precisa desembolsar licenças de sharepoint e depois precisa manter uma instalação do sharepoint em vez de um simples servidor de arquivos.
Então, para nós, são simplesmente razões orçamentárias. Compartilhamento de arquivos simples = barato, sharepoint = caro.