Você deve enviar a mensagem de notificação como o usuário principal normal de seu sistema (usualmente ID 1000):
#!/bin/bash
MAINUSER=$(cat /etc/passwd|grep 1000|sed "s/:.*$//g")
su $MAINUSER -c $"notify-send -i \"/opt/say/logo.png\" \"Title\" \"Message\""
(não tenho certeza, como chamá-lo assim no seu script python, mas espero que ajude)